O Centro de Estudos Sociais acolhe um conjunto diversificado de Programas de Doutoramento da Universidade de Coimbra que potencializam as sinergias criadas pela investigação de excelência que este desenvolve. O CES tem sido ainda reconhecido no âmbito de candidaturas a bolsas de doutoramento financiadas pela Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT) como instituição de acolhimento de excelência.

Os/as estudantes candidatam-se aos programas de doutoramento na Universidade de Coimbra, inscrevendo-se nessa instituição como alunos/as e são acolhidos/as institucionalmente no CES, beneficiando de um ambiente académico interdisciplinar, dinâmico e internacionalizado, combinando a formação avançada com uma investigação de excelência nas áreas das Ciências Sociais e das Humanidades. Esta investigação assenta em três dimensões centrais: investigação-ação, abordagem reflexiva, e análise crítica comprometida com a visibilização de relações assimétricas de poder, como no caso das relações Norte-Sul.

Todos os programas incluem um primeiro ano curricular, um acompanhamento da evolução científica dos/as estudantes através de seminários de investigação, e o acesso privilegiado a convidados/as de renome internacional nas respetivas áreas temáticas. Os/As estudantes beneficiam ainda de um conjunto de recursos de apoio às suas atividades, entre os quais se salienta a Biblioteca Norte-Sul, a revista eletrónica dos programas de doutoramento Cabo de Trabalhos e a realização de um Colóquio Internacional de Doutorandos do CES.

A periodicidade de abertura da maioria dos programas é bienal.